Um 1400 kehrt ein Berliner Patrizier namens Müller heil von seiner Wallfahrt ins Heilige Land zurück. Zum Dank stiftet er die Capelle Hierusalem vor den Toren der Stadt. Erstmals erwähnt wird die Kapelle in einer Urkunde vom 18. Oktober 1484: Sie muss renoviert werden und der Brandenburger Bischof verspricht allen freiwilligen Helfern einen Ablass.
1539 konvertiert Kurfürst Joachim II. Hektor zum Protestantismus. Die Jerusalemkapelle wird wie alle anderen Kirchen in Brandenburg evangelisch. 1680 wird ein Armenhospital gebaut. Das ist der Anlass, bis 1689 auch die Kapelle zu renovieren und zu vergrößern.
Schon 1725 ist die Jerusalemkirche für die wachsende Gemeinde erneut zu klein. Der renommierte Baumeister Phillip Gerlach reißt den alten Bau ab und errichtet bis 1728 eine der größten Kirchen in Berlin mit 1.366 Sitzplätzen. 1879 baut Edmund Knoblauch die Jerusalemkirche erneut um.
Ende des 19. Jahrhunderts werden in der südlichen Friedrichsstadt zahlreiche Presseverlage gegründet. Das Einzugsgebiet der Jerusalemkirche wird zum größten Zeitungsviertel der Welt. Es ist ein Geschäftsviertel, in dem immer weniger Menschen wohnen: Die Gemeinde schrumpft. Schließlich wird das leerstehende Kirchengebäude im Zweiten Weltkrieg von der Wehrmacht requiriert.
Im August 1943 verkauft die NS-Regierung die Jerusalemkirche an die rumänische orthodoxe Gemeinde in Berlin. Sie baut das Gotteshaus aufwändig um und feiert am 24. Januar 1944 die Einweihungsmesse. Am 2. März 1945 trifft eine Bombe die Jerusalemkirche, sie brennt vollständig aus.
Das sozialistische Rumänien hat keine Verwendung für eine Kirche im Westteil Berlins und verkauft das Grundstück an den Berliner Senat. Am 9. März 1961 wird die Ruine der Jerusalemkirche gesprengt. 1966 wird an dieser Stelle das Axel-Springer-Hochhaus eingeweiht.
Wenige Meter vom Standort der alten Jerusalemkirche entfernt, baut die Architektin Sigrid Kressmann-Zschach 1968 einen modernen Neubau. Im spitzen Winkel von Linden- und Markgrafenstraße entsteht ein Kirchenraum mit Gemeindehaus. Der Verleger Axel Springer stiftet den freistehenden Glockenturm.
In Kreuzberg gibt es immer weniger Kirchenmitglieder. Die Jerusalemgemeinde wird deshalb 2001 mit drei anderen Gemeinden zusammengelegt. Seit 2003 wird die Kirche als christlich-jüdisches Interreligiöses Zentrum genutzt. Im selben Jahr lässt der Axel-Springer-Verlag den Grundriss der alten Jerusalemkirche vor dem Verlagshaus mit roten Steinen markieren.
2007 wird die Jerusalemkirche zum Veranstaltungsort umgebaut. Tagungen, Kongresse und andere Veranstaltungen füllen das ehemalige Gotteshaus mit neuem Leben.
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